Plusieurs types de librairies sont offertes pour du séquençage NovaSeq et MiSeq, telles que :
- Librairies d’ADN (shotgun et PCR-free) pour le séquençage de génomes complets
- Librairies ChIP-Seq
- Séquençage d’ARN et de petits ARN
- Librairies d’ADN avec conversion au bisulfite pour l’identification de sites de méthylation
- Librairies enrichies pour des régions d’intérêt
- Captures d’exomes (Agilent SureSelect; Roche Nimblegen SeqCap)
- Panels personnalisés (Roche Nimblegen SeqCap)
- Sites de méthylation (Roche Nimblegen SeqCapEpi)
- RNA-Seq
- Amplicons
- Métabarcoding (16S/18S/ITS)
La plupart des pipelines de préparation des librairies ont été automatisés afin de réduire les coûts et augmenter la fiabilité.
Les librairies peuvent être séquencées en format lecture simple (single-read) ou pairée (paired-end) et des lectures de 50, 100, 150 ou 250 bases (jusqu’à 300 bases sur le MiSeq) peuvent être effectuées avec les instruments MiSeq et NovaSeq6000. Les lectures sont livrées en format FASTQ et il est possible d’obtenir des fichiers BAM pour des échantillons d’origine humaine, de rat ou de souris. Les séquences sont téléchargées directement de Nanuq.
Pour connaître la quantité de données générées par chacun des instruments et déterminer les options de séquençage appropriés pour votre projet, contacter le Bureau de Gestion Client.
