Le CES offre un service de séquençage de plasmide entier standard (moins de 25 kb) et de long produit de PCR (plus de 1500 pb et moins de 25 kb) par la technologie Oxford Nanopore.
Pour savoir quand choisir le service PlasmiQ versus le service de séquençage Sanger, voir le tableau suivant :
| Critères | | Séquençace Sanger |
| Prix par réaction | 20 $ | ~4$ à 8$ (plusieurs options disponibles) |
| Purification | Frais supplémentaires | Inclus |
| Applications | Séquencer un insert ou un plasmide complet, même sans séquence connue. Vérifier efficacement l’intégrité de plasmides utilisés depuis longtemps. | Lecture rapide et économique de fragments courts déjà connu. Idéal pour la vérification de mutations connues, confirmer rapidement un clonage, séquencer un insert <1500 pb. |
| Utilisation d’amorces | Aucun besoin d’amorce spécifique | Amorces spécifiques requises |
| Délai de traitement | ~3 jours | ~24h à 3 jours |
| Portée du séquençage | Séquençage de molécules entières avec lectures longues continues, permettant une analyse complète de la structure. | Séquençage ciblé sur une région donnée avec une précision moyenne de 99,99%. |
| Taille de lecture | 500 pb à 25 Kb | 100 pb à 800 pb |
| Biais de séquençage | Aucun biais lié aux amorces — toute la molécule est analysée. | Risque de biais si l’amorce n’hybride pas parfaitement, ce qui peut masquer certaines mutations. |
| Détection de SNV | Détecte les SNVs à faible fréquence. | Détecte les SNVs à haute fréquence (>25%) |
| Variations structurelles | Détecte les sites et la séquence des réarrangements et duplications. | Identifie les sites d’insertion des réarrangements et duplications. |
Pour plus de détails, voir le guide d’utilisation
La technologie Oxford Nanopore est aussi utilisée pour d’autres applications :
- Séquençage de plasmide et PCR de plus de 25Kb
- Séquençage de génomes entiers
- RNA-Seq
- Methyl-Seq
- Metabarcoding
- Metagenomics
Veuillez communiquer avec le Bureau de gestion clients afin de déterminer le pipeline de séquençage le plus approprié et obtenir une soumission.