Guide d’utilisation
Les instructions de ce guide doivent être suivies attentivement afin d’obtenir les meilleurs résultats possibles et d’éviter tout délai dans le traitement de la requête.
Pour une analyse robuste, il est recommandé de traiter au moins 24 échantillons afin de normaliser correctement les données et de corriger les effets de lot.
Contacter le Bureau de gestion clients pour connaître tous les détails.
- Matériel de départ
- Requis – Qualité et quantité
- Identification, Disposition et contenants exigés
- Requête de service et soumission des échantillons
- Envoi des échantillons
- Transmission des résultats
Matériel de départ
| Type d’échantillons | Particularité |
|---|---|
| ADN génomique (ADNg) | Aucun traitement particulier |
| ADN issu de blocs FFPE | Étape préalable de restauration sera faite au laboratoire avant de débuter le protocole standard. |
Requis – Qualité et quantité
Les échantillons doivent être élués dans du tampon TE 1X (10 mM Tris pH 8,0 / 1 mM EDTA) ou de l’eau ultrapure sans nucléase.
Noter qu’une analyse quantitative fluorimétrique est effectuée à la réception des échantillons afin de valider leur concentration.
| Volume minimum | Concentration minimum | Concentration maximum |
|---|---|---|
| 20 uL | 35 ng/ µL | 200 ng/µL |
Vérification de la concentration
- Méthode recommandée : Qubit ou méthode fluorimétrique équivalente.
Note : Les méthodes spectrophotométriques comme Nanodrop sont beaucoup moins précises pour mesurer la concentration d’ADN.
Vérification de la qualité
| Type d’échantillons | Intégrité | Méthode conseillée |
|---|---|---|
| ADN génomique (ADNg) | Fragments >2 kb | Électrophorèse |
| ADN issu de blocs FFPE | N/A | N/A |
Vérification de la pureté
- Méthode recommandée : Nanodrop ou autre méthode spectrophotométrique.
- Ratios de densité optique visés :
- 260/280 entre 1,8 et 2,0
- 260/230 entre 2,0 et 2,2.
Identification, Disposition et contenants exigés
Identification
Le nom inscrit sur la plaque doit être unique, lisible, court et identique à celui indiqué dans le formulaire de soumission.
Disposition
Les échantillons doivent être préalablement randomisés en rangée.
La figure ici-bas illustre comment les échantillons peuvent être placés pour des projets de 24, 48 ou 72 échantillons comportant 2, 3 ou 4 groupes expérimentaux.
Les échantillons provenant de blocs FFPE doivent être traités indépendamment : ils ne doivent pas être intégrés à une plaque d’ADN génomique standard et doivent être randomisés séparément.
Pour des plaques contenant des échantillons humains, réserver un puit pour l’ajout d’un contrôle positif interne :
- Plaque pleine : laisser le puits H12 vide.
- Plaque partiellement remplie : laisser le premier puits suivant le dernier échantillon vide, tout en respectant le multiple d’échantillons requis par la puce.
Contenants exigés
| Plaques PCR de 96 puits recommandées | Plaques de 96 puits non acceptées |
|---|---|
| Plaque PCR à jupe pleine – BioRad Hard-Shell 96-Well PCR Plates, skirted, Cat# HSP9601 – BioRad Microseal PCR plates 96-well clear, Cat# MSP9601 – Eppendorf twin.tec, Cat# 951020401 – Corning Thermowell GOLD, Cat# 3752 – Axygen 96-well PCR Microplate, Cat# PCR96FSC Plaque PCR à demi-jupe – Life Technologie Thermo-Fast 96 PCR detection plate with flat deck, Cat# AB1400L – FroggaBio 96-well plate, standard semi-skirted, clear, Cat#SS-96S | – Plaque à 96 puits pour culture cellulaire – Plaque PCR à 96 puits opaques – Plaque PCR à 96 puits sans jupe (no-skirt) |
| Films adhésifs recommandés : – Film adhésif clair Adhesive PCR Films; Thermo Fisher Scientific, Cat#AB-0558 – Film adhésif en aluminium MicroSeal ’F’ Foil; Bio-Rad, Cat# MSF-1001 |
Requête de service et soumission des échantillons
Cliquer sur requête de service et soumission des échantillons pour consulter les instructions.
Envoi des échantillons
Cliquer sur préparation des échantillons pour envoi pour consulter les instructions.
Transmission des résultats
Un message automatisé provenant de Nanuq est envoyé aux contacts assignés au projet lors de la complétion du projet.
Les fichiers d’analyse sont directement accessibles par l’application web Nanuq dans la section Rapports de Génotypage et dans les onglets Documents, Rapports d’analyse et Données à télécharger.
Tous les échantillons seront conservés 3 mois à la suite de la date de complétion du projet.
Version 1.0_2026-07-16