Préparation de librairies à partir d’ARN 

Technologie Illumina

Guide d’utilisation

Les instructions de ce guide doivent être suivies attentivement afin d’obtenir les meilleurs résultats possibles et d’éviter tout délai dans le traitement de la requête.

Tous échantillons ne se conformant pas aux recommandations pourraient être refusés sans compensation.

Noter que les délais d’exécution peuvent varier selon l’ampleur du projet. Il est recommandé de s’informer des délais de traitement auprès du Bureau de gestion clients.

Recherche rapide ci-dessous

Matériel de départ

L’ARN total est utilisé comme matériel de départ pour tous les protocoles. 

Conseils pratiques et bonnes pratiques de laboratoire
  • Les échantillons devraient être resuspendus dans de l’eau commerciale sans RNase ou le tampon d’élution fourni dans les kits commerciaux. 
  • Les échantillons devraient être traités à l’ADNase pour éliminer la possibilité de contamination à l’ADN. 
  • Si le Trizol est utilisé pour extraire les échantillons d’ARN, un nettoyage final devrait être effectué (ex. avec un kit de nettoyage sur colonne) avant la soumission des échantillons. 
  • Il faudrait éviter l’eau traitée au DEPC. Les résidus de dégradation de DEPC restants peuvent inhiber les réactions subséquentes.  
  • Il faudrait éviter de resuspendre l’ARN dans des solutions contenant des détergents (ex. SDS) puisque ceux-ci peuvent nuire aux réactions enzymatiques.  
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Requis – Qualité et quantité

Type de préparation de librairies Quantité  Concentration Volume Qualité* 
Sélection Poly(A) ≥300 ng ≥10 ng/µL ≥30 µL RIN ≥6.5 Ratio 260:280 1.8-2.1 Ratio 260:230 1.8-2.2 
Sélection Poly-(A) petite quantité de départ (non directionnel) pour quantité inférieure à 25 ng ≥0.5 ng ≥0.06 ng/µL ≥10 µL RIN ≥6.5 Ratio 260:280 1.8-2.1 Ratio 260:230 1.8-2.2 
Déplétion ARNr bactérien et Déplétion ARNr méta-transcriptomique (ARNr bactérien + hôte) ≥200 ng ≥10 ng/µL ≥20 µL RIN ≥6.5 Ratio 260:280 1.8-2.1 Ratio 260:230 1.8-2.2 
Déplétion ARNr espèces variées (Humain, souris, rat, plante, poisson, etc.) ≥320 ng ≥32 ng/µL ≥10 µL RIN ≥6.5 Ratio 260:280 1.8-2.1 Ratio 260:230 1.8-2.2 
Profilage petits ARNs (<200 nt) et/ou miARN (21-25 nt) ≥750 ng ≥63 ng/µL ≥12 µL RIN ≥6.5 Ratio 260:280 1.8-2.1 Ratio 260:230 1.8-2.2 
ARN total ≥50 ng ≥10 ng/µL ≥5 µL RIN ≥6.5 Ratio 260:280 1.8-2.1 Ratio 260:230 1.8-2.2 
ARN exome ≥20 ng ≥1.2 ng/µL ≥12 µL RIN ≥6.5 Ratio 260:280 1.8-2.1 Ratio 260:230 1.8-2.2 
ARN exome (ARN FFPE) ≥30 ng ≥2.4 ng/µL ≥12 µL DV200 ≥36.5 
* RIN = RNA Integrity Number 
– L’utilisation d’échantillons hors spécifications peut limiter la détection des gènes faiblement exprimés, compromettant la sensibilité et la représentativité de l’analyse. 
– La valeur de RIN pour les protocoles de déplétion de l’ARNr peut être inférieure à 6.5. Contacter un membre du Bureau Gestion Clients pour en discuter. 
– La capacité de la plateforme à générer des librairies de petits ARNs peut varier en fonction des spécificités des échantillons et des conditions expérimentales. Contacter un membre du Bureau Gestion Clients pour en discuter. 
 
Les échantillons de remplacement sont acceptés et doivent respecter les mêmes critères que les échantillons initiaux. Les remplacements partiels (« top-ups ») sont refusés. 
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Contenants exigés et identification des échantillons

  • Il est recommandé d’envoyer les échantillons dans des tubes à faible adhérence. 
  • Le nom inscrit sur le tube doit être unique, lisible, court et identique à celui indiqué dans le formulaire de soumission. 
Formats acceptés Formats non acceptés 
– Tubes 1.5mL 
– Tubes 2mL 		– Tubes en bandes
– Tubes 0.2mL 
– Tubes 0.5mL
– Tubes 2D 
– Tout format de plaques 
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Requête de service et soumission des échantillons

Cliquez ici pour les instructions sur comment faire une requête de service et soumettre des échantillons.

Envoi des échantillons

Cliquez ici pour les instructions sur la préparation des échantillons pour envoi.

Transmission des résultats

Un message est envoyé à toutes les personnes-contacts inscrites dans le projet Nanuq dès que les résultats du contrôle de la qualité des échantillons de départ sont disponibles. Il en est de même lorsque les résultats du contrôle de qualité des librairies sont disponibles.

Un message automatisé provenant de Nanuq est envoyé à l’investigateur principal et aux contacts associés au projet dès que les séquences sont disponibles.

Les résultats de séquençage sont directement accessibles par l’application web Nanuq.

Pour plus d’informations sur le téléchargement des données et les fichiers disponibles, consulter la page Foire Aux Questions.

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Version 2.0_2026-04-21