Technologie 3730xl DNA Analyzer Applied Biosystems
Guide d’utilisation
Les instructions de ce guide doivent être suivies attentivement afin d’obtenir les meilleurs résultats possibles et d’éviter tout délai dans le traitement de la requête.
Tous les échantillons ne se conformant pas aux recommandations pourraient être refusés sans compensation.
Noter que les délais d’exécution peuvent varier selon l’ampleur du projet. Il est recommandé de s’informer auprès du Bureau de gestion clients.
- Matériel de départ
- Requis – Volume et concentration
- Requis – Qualité
- Solutions acceptées dans les puits vides
- Contenants exigés – Disposition des échantillons et identification
- Requête de service et soumission des échantillons
- Envoi des échantillons
- Transmission des résultats
Matériel de départ
Le matériel de départ pour le service de génotypage de marqueurs microsatellites et d’identification de lignée cellulaire humaine peut varier selon les options choisies.
| Option | Description | Matériel de départ |
|---|---|---|
| 1 Lecture seulement | Lecture de produits de PCR préalablement re-suspendus dans la formamide avec une échelle de poids moléculaire standard. | Produit de PCR* préalablement re-suspendus dans la formamide + standard |
| 2 Ajout de formamide avec standard + lecture | Lecture de produits de PCR à re-suspendre dans la formamide avec l’échelle de poids moléculaire standard 500Liz. | Produit de PCR* |
| 3 Ajout de formamide avec standard + lecture + analyse | Lecture de produits de PCR à re-suspendre dans la formamide avec l’échelle de poids moléculaire standard 500Liz et analyse des chromatogrammes. | Produit de PCR* |
| 4 Lecture + analyse | Lecture de produits de PCR préalablement re-suspendus dans la formamide avec une échelle de poids moléculaire standard et analyse des chromatogrammes. | Produit de PCR* préalablement re-suspendus dans la formamide + standard |
| 5 PCR + lecture + analyse (10 marqueurs) | Réalisation de l’amplification PCR à partir d’ADN génomique (ADNg), lecture et analyse des 10 marqueurs.** | ADN génomique (humain uniquement) |
| 6 PCR + lecture + analyse (24 marqueurs) | Réalisation de l’amplification PCR à partir d’ADN génomique (ADNg), lecture et analyse des 24 marqueurs.** | ADN génomique (humain uniquement) |
*Tous les produits de PCR à analyser doivent avoir été amplifiés avec une paire d’amorces dont l’une est marquée avec un fluorochrome.
Les fluorochromes acceptés sont le FAM, le VIC, le NED et le PET.
**Pour l’identification de lignée cellulaire humaine, les kits utilisés inclus les marqueurs suivants :
GenePrint® 10: AMEL, CSF1PO, D13S317, D16S539, D21S11, D5S818, D7S820, TH01, TPOX, vWA.
GenePrint® 24: Amelogenin, D3S1358, D1S1656, D2S441, D10S1248, D13S317, Penta E, D16S539, D18S51, D2S1338, CSF1PO, Penta D, TH01, vWA, D21S11, D7S820, D5S818, TPOX, DYS391, D8S1179, D12S391, D19S433, FGA, D22S1045.
Requis – Volume et concentration
| Type d’échantillon | Option | Volume (concentration) |
|---|---|---|
| Produit de PCR dans la formamide | 1 et 4 | 10 µL |
| Produit de PCR* | 2 et 3 | 10 µL |
| ADN génomique (ADNg) | 5 et 6 | 10 µL (10 à 50 ng/µL) |
*Pour les options 2 et 3, si le volume de 10 µL n’est pas respecté pour chaque échantillon, la plaque sera rejetée automatiquement.
Il est de la responsabilité du client de fournir des échantillons de bonne qualité et en quantité suffisante.
Requis – Qualité
Solutions acceptées dans les puits vides
Chaque puits vide doit contenir le même volume qu’un puits qui contient un produit de PCR en ajoutant une des solutions ci-dessous :
- Hi-Di™ formamide
- EDTA 0,2 mM
- Eau ultra pure de type 1 (eau MilliQ)
- UltraPure™ DNase/RNase-Free Distilled Water
Contenants exigés – Disposition des échantillons et identification
| Tubes recommandés pour l’ADNg | Plaques PCR de 96 puits recommandées | Plaques de 96 puits non acceptées |
|---|---|---|
| – Tubes PCR en « strip » de 8 ou 12 Tout type de tube PCR en « strip » de 8 ou 12 d’un volume de 200 µL avec bouchon est accepté. Exemple: 0,2 ml PCR strip tubes with 12 well, VWR, Cat # 53509-300 Et strip domed caps for 12 well strips, VWR, Cat # 53509-302 | – Plaque PCR à demi-jupe Tout type de plaque PCR claire à 96 puits à demi-jupe (half-skirt 96-well PCR plate) est accepté. Exemple: Thermo-Fast 96 PCR detection plate with flat deck; Life Technologie, Cat# AB1400L Exemple: 96-well plate, standard semi-skirted, clear; FroggaBio, Cat#SS-96S | – Plaque pour culture cellulaire – Plaque PCR opaque – Plaque PCR sans jupe (no-skirt) – Plaque PCR à jupe pleine (full-skirt) |
| – Film adhésif clair Exemple: Adhesive PCR Films; Thermo Fisher Scientific, Cat#AB-0558 – Film adhésif en aluminium Exemple: Aluminum Foils for PCR and Cold Storage; VWR, Cat#60941-074 – Bouchons en « strip » de 8 ou 12 évitant tout risque de fuite et de contamination croisée. |
- Pour le service de génotypage de marqueurs microsatellites, les plaques de 96 puits peuvent être soumises pleines.
- Pour les options 1 et 4 de lecture seulement et pour la lecture + analyse, si une plaque n’est pas pleine, de l’eau ultra pure de type 1 (ou une autre solution acceptée) doit être ajoutée dans chaque puits vide.
- Pour le service d’identification de lignée cellulaire humaine, deux puits par plaque doivent être laissés vides pour l’ajout de contrôles, soit les puits H11 et H12.
- Les échantillons doivent être placés dans la plaque comme indiqué dans le formulaire de soumission – Disposition en rangée obligatoire.
Le nom inscrit sur le tube ou la plaque doit être unique, lisible, court et identique à celui indiqué dans le formulaire de soumission.
Ceci pour éviter tout retard dans le traitement de la demande.
Requête de service et soumission des échantillons
Cliquer sur requête de service et soumission des échantillons pour consulter les instructions.
Envoi des échantillons
Cliquer sur préparation des échantillons pour envoi pour consulter les instructions.
Transmission des résultats
Un courriel est envoyé dès que les résultats sont disponibles.
Les résultats de lecture et d’analyse, si applicable, sont directement accessibles via l’application web Nanuq.
Les fichiers de données brutes, générés par le 3730xl DNA Analyzer, sont en format .fsa.
Version 1.0_2025-11-07