Utilisateur : Kraken Sense
Les maladies entériques sont causées par divers agents pathogènes via différentes voies d’exposition, y compris la consommation d’aliments ou d’eau contaminés, le contact avec des excréments d’animaux ou les voyages. Campylobacter est la cause la plus fréquente de maladies entériques au niveau mondial, mais elle est souvent sous-déclarée en raison de ses symptômes légers. La surveillance des eaux usées s’est avérée être un outil de surveillance communautaire efficace pendant la pandémie de COVID-19. Ce projet vise donc à établir une stratégie de surveillance à partir des eaux usées pour détecter les éclosions de Campylobacter par trois approches différentes : (1) la détection et la quantification par qPCR conventionnelle des espèces pathogènes de Campylobacter, (2) la caractérisation des souches pathogènes par amplification et séquençage spécifiques de Campylobacter, et (3) le séquençage ciblé de Campylobacter à l’aide de panels de capture. L’étape de quantification de la PCR sera effectuée par le dispositif autonome de détection Kraken, qui intègre l’échantillonnage, l’extraction des acides nucléiques, la quantification et l’accès aux résultats par l’entremise d’un tableau de bord sur le cloud. La surveillance avec Kraken réduira le temps et la main-d’œuvre nécessaires au transport et au traitement des échantillons, ce qui est particulièrement importants dans les régions éloignées. Par ailleurs, la caractérisation génomique par séquençage permettra d’identifier les souches pathogènes circulantes et de comprendre leurs sources d’isolement et la répartition géographique de l’éclosion. Les approches de séquençage développées dans cette étude pourraient potentiellement être intégrées au dispositif Kraken. Finalement, l’accès à distance aux données de quantification fournira des renseignements urgents pour la prise de décisions par la santé publique.