Utilisateur : Minerai de Fer Québec, T2 Environnement, Tata Steel Minerals Canada, ViridisTerra Innovations Inc.
Des dispositifs expérimentaux en split plot avec des espèces de plantes boréales inoculées avec des souches microbiennes sélectionnées seront établis sur deux sites miniers ferrifères dans le Nord du Québec. La performance des plants inoculés sera évaluée par une approche phénomique, en mesurant des paramètres morphoécophysiologiques (hauteur, diamètre, taux de survie, photosynthèse, chlorophylle, respiration à l’aide du LICOR LI-6400XT Portable). Le suivi des souches d’inoculants dans les racines et les sols, dans un environnement édaphique complexe, sera effectué par une approche génomique (séquençage à haut débit des génomes complets des inoculants). L’analyse bio-informatique utilisant la pipeline QIIME 2 permettra l’assemblage, l’annotation et la comparaison des séquences, dans le but de développer des biomarqueurs uniques pour l’identification des espèces et des souches dans l’environnement. Différents algorithmes d’apprentissage automatique (ML) seront testés pour améliorer la précision de l’identification. Nous testerons également le nouvel algorithme d’apprentissage automatique KoverMS, spécialement conçu pour la découverte de biomarqueurs dans des ensembles de données omiques d’un microbiome tellurique complexe. Des amorces spécifiques aux souches, développées à partir de l’analyse du génome, seront utilisées pour la ddPCR afin de quantifier les inoculants dans les racines et les sols et d’évaluer leur compétitivité dans le consortium. Ces travaux démontreront l’efficacité et la spécificité de cette approche indépendante de la culture, basée sur l’utilisation d’amorces spécifiques aux souches, permettant une détection rapide et peu coûteuse des bioinoculants dans la rhizosphère des plantes, à des fins de surveillance et de quantification dans des conditions non stériles et non contrôlées au champ.