Ce projet vise à élucider les subtilités de la transmission virale et de la protection immunitaire, en mettant l’accent sur le cytomégalovirus humain (CMV). Ce projet, ancré dans l’apprentissage automatique de pointe (ML), est motivée par l’importance d’orienter la conception des vaccins et les stratégies de santé publique contre les virus nouveaux et émergents.
L’équipe capitalisera sur les collaborations en cours, qui ont permis le développement des techniques de ML pour caractériser la diversité du SARS-CoV-2. S’appuyant sur cette base, l’équipe de projet concentrera son expertise sur le décryptage de la pathogenèse et des modèles de transmission du CMV. L’importance du CMV ne peut être sous-estimée – un virus répandu mais peu étudié, responsable d’infections congénitales et de handicaps infantiles dans le monde entier.
L’approche de l’équipe consiste à exploiter la puissance du séquençage de nouvelle génération et des données cliniques pour éclairer l’hétérogénéité génétique du CMV. L’équipe a développé des outils novateurs de ML parfaitement adaptés pour décoder les subtilités de la composition génomique du CMV. De plus, elle a élaboré un test « CMV-Scan », capable de fournir une vue des anticorps spécifiques des variants viraux pour élucider la dynamique de réinfection du CMV.
Les objectifs immédiats de ce projet sont le perfectionnement des outils de ML pour une analyse mutationnelle exhaustive, l’utilisation des données CMV-Scan pour déterminer les phénomènes de réinfection, la mise à jour de caractéristiques génotypiques cruciales pour les vaccins de nouvelle génération, et l’extension de ces connaissances pour faire face à d’autres menaces virales mondiales.