Technologie Illumina
Guide d’utilisation
Les instructions de ce guide doivent être suivies attentivement afin d’obtenir les meilleurs résultats possibles et d’éviter tout délai dans le traitement de la requête.
Tous échantillons ne se conformant pas aux recommandations pourraient être refusés sans compensation.
Noter que les délais d’exécution peuvent varier selon l’ampleur du projet. Il est recommandé de s’informer des délais de traitement auprès du Bureau de gestion clients.
Recherche rapide ci-dessous
- Matériel de départ
- Requis – Qualité et quantité
- Contenants exigés et identification des échantillons
- Requête de service et soumission des échantillons
- Envoi des échantillons
- Transmission des résultats
Matériel de départ
L’ADN génomique est habituellement le matériel utilisé pour tous les protocoles sauf le protocole pour ADN circulant. Si le matériel de départ est autre, il faudra contacter un membre du Bureau Gestion Clients pour discuter de la faisabilité.
Conseils pratiques et bonnes pratiques de laboratoire
- Les échantillons devraient présenter la plus grande qualité et pureté possible. La qualité n’est pas vérifiée au CES, il n’y a uniquement qu’une quantification.
- La concentration de l’ADN devraient être mesurée en utilisant des méthodes fluorométriques (ex. Qubit, Picogreen) plutôt que spectrophotométriques (ex. Nanodrop) qui ont tendance à surestimer la concentration des échantillons, rendant la quantité de matériel de départ inadéquate
- L’ADN devrait être extrait avec des trousses commerciales plutôt que des solutions maison.
- Si le Trizol est utilisé pour extraire les échantillons d’ADN, un nettoyage final devrait être effectué (ex. avec un kit de nettoyage sur colonne) avant la soumission des échantillons.
- Les échantillons devraient être traités à L’ARNase pour éliminer la possibilité de contamination à l’ARN.
- L’ADN devrait être resuspendu dans du 10 mM Tris-HCl pH 8.0; 0,1 mM EDTA, dans de l’eau commerciale sans RNase/DNase ou le tampon d’élution fourni dans les kits commerciaux.
- Il ne devrait pas y a avoir de matériel insoluble, d’ARN, d’agents chélatants (ex. EDTA), de cations divalents, de phénol, de détergents ou de contaminants provenant du matériel de départ (organisme ou tissu) dans les échantillons.
Requis – Qualité et quantité
| Type de préparation de librairies | Quantité | Concentration | Volume | Qualité |
|---|---|---|---|---|
| Shotgun ADN (avec PCR) | ≥150ng | ≥5 ng/µL | ≥30 µL | Ratio 260:280 1.8-2.0 Ratio 260:230 ≥2.0 |
| Shotgun sans PCR | ≥600ng | ≥20 ng/µL | ≥30 µL | Ratio 260:280 1.8-2.0 Ratio 260:230 ≥2.0 |
| Methyl-seq | ≥150 ng | ≥5 ng/µL | ≥30 µL | Ratio 260:280 1.8-2.0 Ratio 260:230 ≥2.0 |
| Whole Exome (Agilent SureSelect Probes) | ≥150 ng | ≥5 ng/µL | ≥30 µL | Ratio 260:280 1.8-2.0 Ratio 260:230 ≥2.0 |
| Whole Exome (Roche KAPA HyperExome Probes) | ≥150 ng | ≥5 ng/µL | ≥30 µL | Ratio 260:280 1.8-2.0 Ratio 260:230 ≥2.0 |
| Librairie ADN circulant | ≥30 ng | ≥1 ng/µL | ≥30 µL | Ratio 260:280 1.8-2.0 Ratio 260:230 ≥2.0 |
Contenants exigés et identification des échantillons
- Les échantillons doivent être envoyés en plaques 96 puits, peu importe le nombre.
- Chaque plaque ne doit contenir que des échantillons appartenant à un seul projet Nanuq.
- Chaque plaque doit être identifiée et les échantillons placés exactement comme inscrit dans la soumission d’échantillons
| Formats acceptés | Formats non acceptés |
|---|---|
| Plaque jupée (full skirt) nous recommandons : – BioRad Hard-Shell 96-Well PCR Plates, skirted, Cat# HSP9601 – Eppendorf twin.tec, Cat# 951020401 – Corning Thermowell GOLD, Cat# 3752 | – Plaques semi-jupées (Half-skirt) – Plaques sans jupes (no skirt) – Plaques pour culture cellulaire |
| Films adhésifs recommandés : – Life Technologies MicroAmp® Clear Adhesive Film, Cat# 4306311 – Thermo Scientific™ Adhesive PCR Plate Seals, Cat# AB0558 – VWR AluminumFoils for PCR and Cold Storage, Cat# 60941-074 |
Requête de service et soumission des échantillons
Cliquez ici pour les instructions sur comment faire une requête de service et soumettre des échantillons.
Envoi des échantillons
Cliquez ici pour les instructions sur la préparation des échantillons pour envoi.
Transmission des résultats
Un message est envoyé à toutes les personnes-contacts inscrites dans le projet Nanuq dès que les résultats du contrôle de la qualité des échantillons de départ sont disponibles. Il en est de même lorsque les résultats du contrôle de qualité des librairies sont disponibles
Un message automatisé provenant de Nanuq est envoyé à l’investigateur principal et aux contacts associés au projet dès que les séquences sont disponibles.
Les résultats de séquençage sont directement accessibles par l’application web Nanuq.
Pour plus d’informations sur le téléchargement des données et les fichiers disponibles, consulter la page Foire Aux Questions.
Version 2.0_2026-04-21