La résistance aux antimicrobiens (RAM) est une menace mondiale pour la santé animale et humaine, la sécurité alimentaire, la croissance économique et le développement, qui tue déjà 1,3 million de personnes par an dans le monde. Il est de plus en plus reconnu qu’une approche Une Seule Santé est nécessaire pour mettre en place une réponse efficace à la crise de la RAM, ce qui nécessite de surveiller la propagation et l’impact de la RAM dans tous les secteurs. L’approche actuelle de surveillance de la RAM, basée sur la culture d’isolats d’espèces spécifiques, est limitée parce qu’elle est onéreuse financièrement et en ressources humaines, et qu’elle est incapable de détecter la dissémination médiée par des espèces non pathogènes.
Nous proposons d’accroitre les capacités de surveillance en utilisant une approche sensible par séquençage de longs amplicons de gènes de résistance aux antimicrobiens (ARG de l’acronyme anglais). Cette approche produira des données pouvant être compilées pour recension entre les différents réservoirs Une Seule Santé, et pour comparaison avec les connaissances contenues dans les bases de données publiques de séquences. L’approche du séquençage d’amplicons sera complétée par des panels de captures d’ARG par hybridation afin de révéler leurs contextes génomiques (régions flancs). Afin de garantir la pertinence pour les décideurs politiques, le développement de ces solutions métagénomiques sera réalisé en conjonction avec des modélisateurs de la santé publique développant un modèle d’évaluation intégré des menaces liée à la RAM. L’incorporation de données métagénomiques dans ce modèle permettra d’évaluer de nouvelles voies de dissémination de la RAM et d’affiner ou d’ajuster la structure du modèle afin de mieux comprendre les liens entre les secteurs.